Après la fin de Crash Bandicoot 4, Cortex et Uka Uka se sont retrouvés congelés à deux dans un bloc de glace en plein milieu de l'Antarctique ... Mais trois années passent et ils finissent par aterrir sur les bords de l'île de N. Sanity. Le bloc fond sous le Soleil et Cortex se rend compte de l'endroit où il a atteri ... Quand à Uka Uka, il semble encore dormir ...

Coco s'amuse à attraper les papillons, quand soudainement elle est paralysée par quelques chose. C'est Cortex qui lui a lançé un rayon paralyseur avec son arme ! Crash est en train de fouiner dans le sable de sa plage, quand il entend quelqu'un crier son nom. C'est Coco qui l'appelle pour l'entraîner dans la jungle, sous prétexte que quelque chose ne tourne pas rond ... Vous l'aurez deviner, ce n'est pas Coco, mais Cortex qui s'est déguisé en elle !

Il réussit à l'entraîner jusqu'à son objectif prévu. Et à sa grande surprise, Crash découvre que c'était Cortex. Il a même invité ses acolytes ! Crash est alors contraint d'affronter Cortex à nouveau, ainsi qu'un robot gigantesque que N. Gin contrôle : le Mecha-Bandicoot. Crash réussit à les vaincre et Cortex perd le contrôle de son planeur et heurte Crash. Ils tombent tous deux dans les grottes souterraines de l'île ... A partir de ce moment là, ils n'ont d'autre choix que de co-opérer ensemble pour sortir de cet endroit, même s'ils se haïssent !

Ils rencontrent en cours de chemin deux petits aliens sortis de nulle part. Ils ressemblent à des perroquets et ils parlent. Ils menaçent Crash et Cortex de détruire leurs îles. Pourquoi ? Qui sont-ils ? Ils viennent d'où ?

Tant de questions, mais ces petits monstres restent un mystère. Cortex est affolé, il refuse d'admettre que les îles soient détruites par ces idiots de perroquets ! Ils vivront ensuite des tas d'aventures un peu partout, comme au Labo Iceberg de Cortex, le Village Indigène, l'Académie du Mal où ils rencontreront Nina Cortex, la nièce du Dr. Neo Cortex. Cette dernière est alors contrainte de sécher les cours pour filer un coup de main au duo Crash et Cortex.

Au cours du jeu, Cortex se rappellent ensuite de quelque chose. Ces deux petits perroquets étaient les siens quand il était enfant ! Et oui, il se souvient avoir voulu tester une invention sur eux étant étudiant à l'Académie du Mal, à l'âge de 8 ans. Celle-ci échoua et les fit disparaître pour toujours. Maintenant, ses perroquets sont diaboliques, méchants, parlent et veulent se venger ! Voilà pourquoi ils sont venus envahir leurs îles ...

Vers la fin, à l'aide du mécanisme (Psychetron) du Labo Iceberg, le trio infernal se téléporte vers la 10éme dimension, sur "l'île de TwinSanity", l'île où habitent Victor et Moritz, soit les Jumeaux Maléfiques. Ils arriveront ensuite dans leur refuge et ils devront les affronter.

Ils réussissent à trois à affronter les Jumeaux et à les vaincre après beaucoup d'efforts. Mais les créatures s'enfuissent ensuite. Elles se dirigent vers une maison effrayante de leur île (la 10éme dimension). Ces derniers entrent et découvre qu'un affreux Bandicoot y vit. Son nom est "Evil Crash" ou "Crash Maléfique". Il les dévore sans leur laisser de chance en les confondant avec des poulets, et c'est donc la fin pour eux ...

Quant à nos amis, ils retournent dans le Labo Iceberg. Cortex explique à Crash qu'il n'était qu'une erreur et essaye ainsi de l'éliminer à l'aide de son Psychetron, mais Coco intervient à temps et frappe Cortex. De ce fait, le plan est ruiné à nouveau et Cortex atterit à côté de Crash, et est touché par le rayon !

Il subit le sort que Crash devait subir. Il rétrécit, mais du fait que Crash se trouvait aussi sous la machine, Cortex a atterit dans son cerveau ! Cortex est désespéré une fois de plus, et voilà comment cela se termine ...

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Dans une navette spatiale se trouvait Uka Uka et Cortex. Uka Uka était furieux car Cortex perdait tout le temps, il fallait que ça change sinon il le paierait cher ... Le savant fou se mit donc au travail et eut une idée : pourquoi ne pas réduire la planète à la taille d'un abricot ? C'est ce qu'il fit grâce à sa nouvelle invention : le Minimiseur de Planète.

Sur Terre, Aku Aku prévint les Bandicoots du nouveau plan maléfique de Cortex et il fallait donc des Cristaux pour arrêter tout ça, une nouvelle fois. Crash commença donc son aventure et récupéra des Cristaux puis affronta et vaincu Cortex et enfin, il utilisa la puissance des Cristaux pour rendre à la Terre sa taille normale. Mais le scientifique n'allait pas s'arrêter là et il recommença à utiliser son invention pour réduire la Terre.

Crash dut récupérer les Gemmes et les Reliques pour arrêter Cortex définitivement, mais quand il arriva à la station spatiale de ce dernier pour l'affronter, il vit que Cortex avait accidentellement fusionné avec Tiny, Dingodile et N. Gin. Tous les 4 formait une sorte de monstre appelé le Mega-Mix. Crash réussit à leur échapper, puis ensuite il utilisa la puissance des Gemmes et des Reliques pour redonner une taille normale à la Terre et envoyer la station spatiale de Cortex dans l'espace. Cortex et ses sbires étaient coincés mais peut être que d'autres de ses associés étaient restés sur Terre ...

Un paisible après midi comme les autres chez les Bandicoots. Alors que Crash faisait la sieste, et que ses amis vérifiaient leurs véhicules et faisaient de la musculation, une étrange lumière blanche et éblouissante éclaira la chaumière de nos amis ... Ce n'etait pas le Soleil car elle éblouissait trop fort ... Soudain, cette lumière arracha la maison des Bandicoots de terre alors que ces derniers s'y trouvaient ! La maison disparu totalement, téléportée quelque part ...

Dans le château de Cortex, Tiny était en train de jouer aux Dames contre lui-même et Cortex réfléchissait à un plan qui lui permettrait d'éliminer les Bandicoots et de conquérir le monde. Juste après, Cortex demanda à Tiny d'aller voir si N. Gin avait besoin d'aide dans son laboratoire. Tiny se précipita, content d'être utile, mais en écrasant Dingodile sur son passage. La lumière arrive soudainement ! N. Gin pensait que Tiny était responsable de ce phénomène. Mais ils subirent le même sort que Crash et sa famille. Ils étaient situés dans la plus haute des tours du château et celle-ci se déboita du reste du château et s'envola quelque part dans l'espace ...

Nos amis sont bouleversés et sortent de leur refuge respectif. Ils sont dans une arène étrange, située dans l'espace, dont les spectateurs sont des petits aliens bruyants. L'équipe Cortex et l'équipe Bandicoot se retrouvent face à face. Cortex accuse Crash de ce qui est arrivé et le gronde, mais il se fait interrompre par un hologramme qui représente un visage gigantesque et effrayant et qui apparaît face à eux. C'est l'Empereur Velo 27, il les a amené ici pour qu'ils participent aux courses de karting du Circuit Galactique. Et s'ils refusent de participer à ce challenge, la planète Terre sera détruite et personne ne retrouvera la liberté ...

Les deux équipes acceptent face à cette menace et chacune espère gagner, car seuleument une équipe retournera sur Terre ... L'aventure a alors commencé et les équipes parviennent à gagner dans tous les circuits en battant chacun des Boss de chaque monde, etc ... Et voilà ensuite la fin.

Il est grand temps d'affronter l'Empereur Velo 27, le plus grand champion de karting de toute la galaxie ! Il affirme en plus qu'il n'a jamais perdu, mais les équipes ne perdent pas espoir pour autant ... Ils parviennent à le vaincre mais cela ne suffit pas encore. Gourmand, Velo 27 réclame encore toutes les Reliques Temporelles de ses circuits si les héros veulent revenir sur Terre.

C'est alors que ces derniers se plient à ses ordres et récupérent les douze Reliques. Ils affrontent à nouveau l'Empereur ... C'est alors que Velo 27, cette fois battu pour de bon, se met en colère et explose de rage (au sens figuré, comme au sens propre). Nos amis, ainsi que les aliens spectateurs, sont surpris de voir que l'Empereur Velo 27 n'était en fait qu'un robot ... contrôlé par un petit homme vert, pas plus grand que les spectateurs de l'arène !

Il accepte alors sa défaite face à ces derniers. L'équipe Cortex finit en beauté, Cortex prend le sceptre de Velo et le soulève glorieusement. Mais une partie du sceptre se détache et tombe. Au simple contact du sol, le sceptre les téléporte sur une planète très spéciale et sauvage. Ils se retrouvent dans un endroit très ancien au milieu d'une forêt. Plusieurs Krunks arrivent alors, tous l'air mécontent de voir des Terriens sur leur territoire ! Pas de doute, ils sont sur Terranée, pas sur Terre ... Les Krunks arrivent par centaine de tous les coins de la jungle ! Tiny reprend donc le sceptre posé à terre, le répare et le soulève. Les Krunks prennent ainsi Tiny pour leur maître et se prosternent devant lui, Cortex est alors désespéré ...

Quant aux Bandicoots, ils ont la chance de retourner tranquillement sur l'île de N. Sanity avec leur petite chaumière et leurs animaux. La vie reprend son cours ...

Ebenezer Von Clutch, un robot déjanté, était le propriétaire d'un parc : le Von Clutch's Motor World. Ce parc était un endroit où l'on pouvait participer à des courses dangereuses et il était divisé en 6 parties : Midway, le lieu principal, Mystery Island, le monde des pirates, Happily Ever Faster, le monde des contes de fées, Tyrannosaurus Wrecks, le monde de la préhistoire, Tomb Town, le monde égyptien et Astro Land, le monde du futur. Les cinq derniers mondes étaient ouvert grâce à des Gemmes d'Energie alimentant ces mondes.

Tout allait bien pour Von Clutch. Mais un jour, deux présentateur TV Chick et Stew, étaient devant l'entrée du parc : ils annonçaient au monde entier que le parc allait sûrement fermé à ce jour car les Gemmes du parc avaient été volées. Von Clutch a donc décidé de jouer son parc à haut risque : les prochains participants devront retrouver toutes les Gemmes, il n'y aura aucune règle et le gagnant deviendrait propriétaire du parc. Mais qui seraient les prochains participants ?

Sur son balcon, Von Clutch paniquait avec ses 2 assistants, Pasadena Opossum, une opossum participant aux courses tout comme son patron, et Willie Wumpa Cheeks, un fruit Wumpa géant qui était la mascotte du parc et qui distribuait les délicieuses Chantilly Wumpa, très appréciées des gens. Pendant ce temps, sur une route déserte, Crash, Coco et Crunch étaient dans une voiture. Ils étaient poursuivit par une autre voiture où il y avait Cortex, Nina et N. Gin. N. Gin tirait sur les Bandicoots grâce à une mitrailleuse tandis que Coco et Crunch envoyaient des poulets explosifs sur leurs ennemis. Au bout d'un moment, Crash et Cortex, les 2 conducteurs, foncèrent sur un portail qui fut détruit. Après un petit accident, ils regardèrent où ils étaient : ils se trouvaient dans le Von Clutch's MotorWorld. Von Clutch voulut voir les 6 invités et il leur proposa, comme il l'avait promit, de retourver les Gemmes d'Energie de son parc, et en échange, ils deviendraient les propriétaires. Mais il voulait qu'on retrouve autre chose : sa gemme d'énergie noire qui lui servait de cœur, car sans celle-ci, il mourrait.

Les Bandicoots acceptèrent alors pour lui rendre service. Les Cortex et N. Gin firent de même, mais à plutôt dans le but d'utiliser le parc comme nouvelle base maléfique. Crash commença sa quête aux Gemmes et avec les autres, il participa aux courses de karting. Mais après la récupération de l'avant dernière Gemme, les participants commencèrent à s'inquiéter : les courses étaient truffé de pièges et elles étaient encore plus dangereuses, comme si quelqu'un les avait trafiqué. Puis, Crash retrouva la dernière Gemme du Parc. Cheek et Stew firent évidemment un reportage et Coco en profita pour dire qu'elle commençait à comprendre ce qui se passait.

D'après elle, le voleur était un amateur de chantilly Wumpa, car on en retrouvait à coté de chaque générateur où l'on mettait les Gemmes pour ouvrir les portes du monde et on en retrouvait aussi à coté de l'endroit où les Gemmes étaient cachés. Tout le monde se retourna vers Crash qui adorait ça et qui en buvait au moment même. Mais, le vrai coupable, en voyant la stupidité des autres en désignant un innocent, avoua ce qu'il avait fait devant les caméras et les autres. C'était en réalité Willie Wumpa Cheeks. Il voulait utiliser le Gemme d'Energie Noire de Von Clutch, qu'il avait dans son sac et qui était une vrai arnaque selon lui, pour s'enfuir de ce parc, pour ne plus qu'on le considère comme une pauvre mascotte qui ne sert qu'à servir les gens de sirop. Il se dirigea vers le dernier monde, Astro Land. Les participants devaient se dépêcher car Von Clutch commençait à déconner sans sa Gemme. Crash le rattrapa et le vit en train d'entrer dans une fusée. Heureusement, il réussit à empêcher la fusée de décoller. Crunch, Coco et Passadena arrivèrent. Crunch prit Willy par le nez (où sortait la chantilly Wumpa) et alors que les autres le questionnait sur le Gemme de Von Clutch, un laser détruisit le fruit géant. Tout ce qu'il restait, c'était le nez et les yeux, le reste n'était qu'une bouillie qui gisait désormais au sol.

Le missile venait en fait d'une machine volante : celle de Cortex. Ce dernier était avec Nina et N. Gin dans une machine qui volait et qui avait un ventilateur extérieur. Crash envoya un poulet explosif dans le ventilateur pour le grand désespoir de Cortex (déjà qu'il déteste les poulets). L'engin déconna et alla dans tous les sens puis elle cassa le faux ciel d'Astro Land et elle s'envola quelque part, loin du parc. Crash et les autres avaient de nouveau triomphé et ils revinrent à l'entrée. Les Bandicoots étaient donc maintenant les propriétaires du parc. Mais ils renoncèrent et ils voulurent que Von Clutch garde son parc. Malheureusement pour ce dernier, il avait arrêter de fonctionner : même si Willie avait perdu, le Gemme d'Energie Noire n'avait toujours pas été retrouvé. Il y eut un instant de silence, jusqu'à ce que Crash, qui buvait de la chantilly Wumpa, s'étouffa. Il avait avalé quelque chose qu'il cracha soudainement. La chose fonça droit dans le ventre de Von Clutch qui était ouvert et celui-ci revint à la vie : l'objet que Crash avait avalé était la Gemme d'Energie Noire ! Von Clutch était bien sûr heureux, mais un peu trop selon Crash qui commençait à en avoir marre de ses "Hip Hip Houra !". Le marsupial fit une tape dans le dos du cyborg qui avait toujours le ventre ouvert et son cœur se retrouva à nouveau en dehors de son corps. Ebenezer Von Clutch ne bougea plus de nouveau et il tomba au sol. Et Crash, avec un grand sourire, courut vers son véhicule et il partit ... sans savoir que les autres le trouvaient complètement ridicule !

Dans une station de Cortex flambant neuve située dans l'espace, Uka Uka est en train de gronder ses sujets. Il veut absolument en finir avec Crash Bandicoot et pourtant, les statistiques du Mal sont lamentables. Cortex et compagnie réfléchissent à un nouveu plan, et ainsi, eux et Uka Uka trouvent une seule solution pour faire disparaître Crash Bandicoot : libérer les "Masques des Elements" ! En plus de cela, Cortex dit qu'il est sur le point de terminer sa nouvelle invention qui est une arme super secrète et qui est donc un Super Bandicoot nommé "Crunch" !

Alors que Crash et ses amis sont en train de s'amuser sur la plage de N. Sanity, un volcan à proximité se met soudainement en éruption, le ciel se couvre et devient foncé, un tsunami recouvre l'île d'eau et un tremblement de terre survient. Aku Aku a des soupçons et va voir Uka Uka dans leur salle de réunion spatiale "Hyperspace".

Uka Uka lui avoue avec contentement avoir libéré les Masques des Eléments. Aku Aku est affolé par cette nouvelle et essaye de remettre les idées de Uka Uka au clair. Mais ce dernier ne veut rien entendre. Aku Aku s'empresse alors d'aller prévenir Crash et Coco du malheur qui s'abat sur eux à nouveau. Le seul moyen d'arrêter Cortex et sa bande de fou est encore une fois de retrouver les 25 Cristaux dispersés dans le monde, afin que les quatre Masques des Eléments retournent dans leur état d'hibernation initial.

Heureusement pour les Bandicoots, Coco vient juste de terminer son dispositif virtuel de téléportation spatio-temporelle, qui permettra à nos héros de se déplacer dans le monde à l'aide de portails. Ainsi, Crash, Coco et Aku Aku sont prêts à affronter à nouveau Cortex et son affreuse bande. L'aventure commence ...

Au cours du jeu, Crash et sa soeur Coco parviennent à trouver les Cristaux et à renvoyer les Masques des Eléments dans leur état d'hibernation afin qu'ils ne causent plus de dégâts à travers le monde. Ca sent déjà la fin ...

Crash et Coco récupèrent donc les Cristaux et les Gemmes. Ils doivent affronter Crunch et y parviennent tant bien que mal. Juste après cet incident, Crunch ouvre les yeux et comprend ensuite qu'il fut manipulé par Cortex seuleument pour détruire les Bandicoots qui sont de la même race que lui. Coco vient alors secourir Crash, Aku Aku et Crunch. Ce dernier vient ensuite vivre avec eux dans leur chaumière et devient leur grand frère. Il les remercie pour l'avoir hébergé et lui avoir fait comprendre que Cortex était méchant et que son unique but était de conquérir le monde et faire régner le Mal.

Les Masques des Elements sont une nouvelle fois vaincus et renvoyés dans leur état d'hibernation. Puis, Cortex et Uka Uka se retrouvent téléportés en plein milieu d'un océan glacial en Antarctique ! Uka Uka est furieux et poursuit alors Cortex en le grondant sur les morceaux de la banquise. Le Mal a une nouvelle fois perdu face au Bien et un nouveau Bandicoot encore plus puissant s'ajoute à la liste des Héros que le Mal veut à tout prix éliminer ...