Après la fin de Crash Bandicoot 4, Cortex et Uka Uka se sont retrouvés congelés à deux dans un bloc de glace en plein milieu de l'Antarctique ... Mais trois années passent et ils finissent par aterrir sur les bords de l'île de N. Sanity. Le bloc fond sous le Soleil et Cortex se rend compte de l'endroit où il a atteri ... Quand à Uka Uka, il semble encore dormir ...

Coco s'amuse à attraper les papillons, quand soudainement elle est paralysée par quelques chose. C'est Cortex qui lui a lançé un rayon paralyseur avec son arme ! Crash est en train de fouiner dans le sable de sa plage, quand il entend quelqu'un crier son nom. C'est Coco qui l'appelle pour l'entraîner dans la jungle, sous prétexte que quelque chose ne tourne pas rond ... Vous l'aurez deviner, ce n'est pas Coco, mais Cortex qui s'est déguisé en elle !

Il réussit à l'entraîner jusqu'à son objectif prévu. Et à sa grande surprise, Crash découvre que c'était Cortex. Il a même invité ses acolytes ! Crash est alors contraint d'affronter Cortex à nouveau, ainsi qu'un robot gigantesque que N. Gin contrôle : le Mecha-Bandicoot. Crash réussit à les vaincre et Cortex perd le contrôle de son planeur et heurte Crash. Ils tombent tous deux dans les grottes souterraines de l'île ... A partir de ce moment là, ils n'ont d'autre choix que de co-opérer ensemble pour sortir de cet endroit, même s'ils se haïssent !

Ils rencontrent en cours de chemin deux petits aliens sortis de nulle part. Ils ressemblent à des perroquets et ils parlent. Ils menaçent Crash et Cortex de détruire leurs îles. Pourquoi ? Qui sont-ils ? Ils viennent d'où ?

Tant de questions, mais ces petits monstres restent un mystère. Cortex est affolé, il refuse d'admettre que les îles soient détruites par ces idiots de perroquets ! Ils vivront ensuite des tas d'aventures un peu partout, comme au Labo Iceberg de Cortex, le Village Indigène, l'Académie du Mal où ils rencontreront Nina Cortex, la nièce du Dr. Neo Cortex. Cette dernière est alors contrainte de sécher les cours pour filer un coup de main au duo Crash et Cortex.

Au cours du jeu, Cortex se rappellent ensuite de quelque chose. Ces deux petits perroquets étaient les siens quand il était enfant ! Et oui, il se souvient avoir voulu tester une invention sur eux étant étudiant à l'Académie du Mal, à l'âge de 8 ans. Celle-ci échoua et les fit disparaître pour toujours. Maintenant, ses perroquets sont diaboliques, méchants, parlent et veulent se venger ! Voilà pourquoi ils sont venus envahir leurs îles ...

Vers la fin, à l'aide du mécanisme (Psychetron) du Labo Iceberg, le trio infernal se téléporte vers la 10éme dimension, sur "l'île de TwinSanity", l'île où habitent Victor et Moritz, soit les Jumeaux Maléfiques. Ils arriveront ensuite dans leur refuge et ils devront les affronter.

Ils réussissent à trois à affronter les Jumeaux et à les vaincre après beaucoup d'efforts. Mais les créatures s'enfuissent ensuite. Elles se dirigent vers une maison effrayante de leur île (la 10éme dimension). Ces derniers entrent et découvre qu'un affreux Bandicoot y vit. Son nom est "Evil Crash" ou "Crash Maléfique". Il les dévore sans leur laisser de chance en les confondant avec des poulets, et c'est donc la fin pour eux ...

Quant à nos amis, ils retournent dans le Labo Iceberg. Cortex explique à Crash qu'il n'était qu'une erreur et essaye ainsi de l'éliminer à l'aide de son Psychetron, mais Coco intervient à temps et frappe Cortex. De ce fait, le plan est ruiné à nouveau et Cortex atterit à côté de Crash, et est touché par le rayon !

Il subit le sort que Crash devait subir. Il rétrécit, mais du fait que Crash se trouvait aussi sous la machine, Cortex a atterit dans son cerveau ! Cortex est désespéré une fois de plus, et voilà comment cela se termine ...

Cliquez ici pour voir le jeu en BD, mais malheureusement en Japonais.