Dans une station de Cortex flambant neuve située dans l'espace, Uka Uka est en train de gronder ses sujets. Il veut absolument en finir avec Crash Bandicoot et pourtant, les statistiques du Mal sont lamentables. Cortex et compagnie réfléchissent à un nouveu plan, et ainsi, eux et Uka Uka trouvent une seule solution pour faire disparaître Crash Bandicoot : libérer les "Masques des Elements" ! En plus de cela, Cortex dit qu'il est sur le point de terminer sa nouvelle invention qui est une arme super secrète et qui est donc un Super Bandicoot nommé "Crunch" !

Alors que Crash et ses amis sont en train de s'amuser sur la plage de N. Sanity, un volcan à proximité se met soudainement en éruption, le ciel se couvre et devient foncé, un tsunami recouvre l'île d'eau et un tremblement de terre survient. Aku Aku a des soupçons et va voir Uka Uka dans leur salle de réunion spatiale "Hyperspace".

Uka Uka lui avoue avec contentement avoir libéré les Masques des Eléments. Aku Aku est affolé par cette nouvelle et essaye de remettre les idées de Uka Uka au clair. Mais ce dernier ne veut rien entendre. Aku Aku s'empresse alors d'aller prévenir Crash et Coco du malheur qui s'abat sur eux à nouveau. Le seul moyen d'arrêter Cortex et sa bande de fou est encore une fois de retrouver les 25 Cristaux dispersés dans le monde, afin que les quatre Masques des Eléments retournent dans leur état d'hibernation initial.

Heureusement pour les Bandicoots, Coco vient juste de terminer son dispositif virtuel de téléportation spatio-temporelle, qui permettra à nos héros de se déplacer dans le monde à l'aide de portails. Ainsi, Crash, Coco et Aku Aku sont prêts à affronter à nouveau Cortex et son affreuse bande. L'aventure commence ...

Au cours du jeu, Crash et sa soeur Coco parviennent à trouver les Cristaux et à renvoyer les Masques des Eléments dans leur état d'hibernation afin qu'ils ne causent plus de dégâts à travers le monde. Ca sent déjà la fin ...

Crash et Coco récupèrent donc les Cristaux et les Gemmes. Ils doivent affronter Crunch et y parviennent tant bien que mal. Juste après cet incident, Crunch ouvre les yeux et comprend ensuite qu'il fut manipulé par Cortex seuleument pour détruire les Bandicoots qui sont de la même race que lui. Coco vient alors secourir Crash, Aku Aku et Crunch. Ce dernier vient ensuite vivre avec eux dans leur chaumière et devient leur grand frère. Il les remercie pour l'avoir hébergé et lui avoir fait comprendre que Cortex était méchant et que son unique but était de conquérir le monde et faire régner le Mal.

Les Masques des Elements sont une nouvelle fois vaincus et renvoyés dans leur état d'hibernation. Puis, Cortex et Uka Uka se retrouvent téléportés en plein milieu d'un océan glacial en Antarctique ! Uka Uka est furieux et poursuit alors Cortex en le grondant sur les morceaux de la banquise. Le Mal a une nouvelle fois perdu face au Bien et un nouveau Bandicoot encore plus puissant s'ajoute à la liste des Héros que le Mal veut à tout prix éliminer ...