Partie 1 : La Jungle Wumpa

Tout allait bien sur l'île Wumpa (oui, nos héros n'habitent plus sur N. Sanity). Les Bandicoots étaient dehors, près de leur maison et ils s'occupaient à diverses choses. Coco travaillait sur une machine qui permettrait au monde de recycler le beurre, mais il lui manquait juste une chose pour qu'elle soit terminée : le Transclocheur, un gadget violet permettant de faire diverses chose et qui était actuellement mastiqué par Crash. Alors que ce dernier allait le donner à sa sœur, il montra du doigt quelque chose dans le ciel : c'était un dirigeable rouge avec un "N" dessus. C'était le dirigeable de Neo Cortex ! Il voulait, comme d'habitude, sa vengeance et il préparait un plan maléfique pour conquérir le monde (il est prévisible de toute façon), bien qu'on ne sache rien pour l'instant. Tout d'un coup, 2 cages tombèrent au sol. L'une était tombé sur Coco, l'autre sur Aku Aku. Ils étaient désormais prisonniers. Les cages étaient reliées au dirigeable grâce à une corde et elles montaient vers l'ouverture du dirigeable. Les 2 prisonniers allaient rentrer dans l'engin de Cortex. Puis, un canon apparut à son tour et il visa Crash et Crunch. Le canon tira un rayon de glace. Crash esquiva, mais pas Crunch qui se retrouva prisonnier dans de la glace. Le dirigeable partit et les cages allaient bientôt rentrer dans le dirigeable. Crash prit la machine de Coco permettant de recycler le beurre et la lança vers les cages. Il toucha celle d'Aku Aku, qui tomba quelque part dans la jungle, à quelques mètres. Etant donnée que Crunch ne pouvait rien faire, Crash n'avait donc pas d'autre choix que de partir à l'aventure tout seul. Son 1er objectif : libérer Aku Aku. Il s'enfonça dans la jungle. En chemin, il vit des petits rats mutants habillés en scientifiques, les Ratniciens, qui étaient sûrement des créations de Cortex. Crash réussit à les battre car ce n'était que des "mini-mutants", et bien qu'ils furent nombreux, aucun ne réussit à battre notre héros. Peu après, il trouva la cage où était Aku Aku. Des Ratniciens essayaient désespérément de déplacer la cage. Crash en battu quelques uns puis il libéra le masque prisonnier. D'après celui-ci, c'était la magie noir qui animait ces mutants. Cortex préparait vraiment un sale coup. Puis, quelque chose arrêta la conversation : ils virent un monstre pendant quelque secondes sur leur chemin, mais la créature partit tout de suite après. Crash et Aku Aku continuèrent leur chemin et ils virent le monstre qui était resté plus loin. C'était en fait un mutant, mais pas comme Crash ou les Ratniciens, c'était un mutant beaucoup plus gros et plus grand : un Titan. Ce Titan était un Spike, un hérisson mutant qui pouvait faire apparaître des piques venant du sol pour tuer ses ennemis. Crash l'assomma et utilisa Aku Aku. Il mit le masque sur le visage de la créature puis il en prit le contrôle grâce aux pouvoir de Aku Aku. Aku Aku pouvait donc être utilisé pour contrôler les Titans, tout ça grâce à sa "Magie Mojo" (le Mojo est une source d'énergie créé par les anciens et elle est utile pour être plus puissant), ce qui voulait dire que le Titan était lié d'une manière ou d'une autre au Mojo. Crash utilisa le Spike pour continuer. Mais, en chemin, il vit d'autres Spike. Et peu après, il rencontra même d'autre races de Titans comme le Râpeur ou le Sanglier Sanglant. Crash et Aku Aku arrivèrent ensuite devant le grand Temple Mojo, qui était en fait le plus gros conteneur de Mojo connu. Et comme Aku Aku le craignait, Cortex et Uka Uka étaient en train de voler tout le mojo du temple : on pouvait voir le dirigeable de Cortex qui aspirait quelque chose grâce à une machine qui était relié au sommet du temple. Crash rentra alors dans le temple et parvint à arriver au sommet aprè-s avoir résolu quelques puzzles et battu d'autres Titans. En haut, il vit Cortex, Coco (qui était attaché) et Uka Uka sur une plates-forme du dirigeable. En fait, c'était un piège : Cortex et Uka Uka avaient prévu que Crash viendrait ici le connaissant bien, et c'est là que Crash devait mourir. Mais avant cela, Cortex expliqua son plan diabolique à Crash et Aku Aku afin de les inquiéter. Uka Uka, lui, avait appri un nouveau procédé à Cortex, la "Mutation Mojo". En effet, Cortex a reprit son tout premier plan (celui de Crash Bandicoot 1) mais il a mélangé sa science avec le Mojo d'Uka Uka, et cela lui a permi de créer une vaste armée de Titans fidèles : des mutant beaucoup plus puissants que Crash et les autres. Mais avant tout, il veut utiliser son armée de Titans pour créer un robot immense et ultra-puissant qu'il utilisera pour devenir maître du monde. Le robot s'appelle en fait "Doominator" (un nom nul selon Coco). Uka Uka s'en alla juste après avec le dirigeable après avoir ordonné à Cortex d'éliminer Crash, et Coco fut contrainte de suivre ce dernier qui emportait le Mojo. Il relâcha un titan géant qui était stocké dans le dirigeable avant de partir, le Yuktopus. Mais Crash réussit à le chevaucher, ce qui stupéfa Cortex qui ne savait pas jusqu'à présent qu'il en était capable. Crash détruisit ensuite toutes les plates-formes où Cortex pouvait se poser pour admirer la scène qui était censée faire triompher le Mal. Crash gagna de nouveau et il revint à terre, le Yuktopus étant épuisé. Avec Aku Aku, il alla voir Cortex. Mais ce dernier, même s'il avait perdu, était sûr de lui. Il était certain que cette fois, il gagnerait. Il partit en volant et en riant. Crash et Aku Aku devaient retrouver Coco au plus vite, en suivant Cortex, peut être qu'ils la retrouveraient. Pendant ce temps, Cortex jouait du piano dans le quartier général flottant qui gardait le Doominator. Uka Uka arriva, il était révolté que Cortex perde tout le temps. Il lui annonça qui allait être remplacé et son remplaçant n'est autre que Nina Cortex, sa nièce. Cette dernière arriva à son tour, avec 2 Filles (des "mini-mutantes" de Nina, comme les Ratniciens de Cortex). Elle ordonna aux Filles de pendre Cortex par les pieds et elle décida d'utiliser Coco pour construire le Doominator grâce à un casque lui permettant de faire tout ce qu'elle voulait d'elle. N. Gin et Tiny n'étaient pas d'accord, mais ils n'avaient pas le choix après tout ... Peut-être que Nina est plus performante que son oncle ?

Partie 2 : La Scierie de Tiny

Crash et Aku Aku continuèrent leur chemin vers la direction où Cortex était parti. Au bout d'un moment, ils arrivèrent dans une immense scierie (bien que ça ressemble aussi à une décharge). C'est ici que Nina prenait des matériaux pour le Doominator (d'après ce que l'on entend lorsque l'on écoute des ennemis en train de parler). Après avoir rencontré et chevauché de nouveaux Titans plus ou moins dangereux, Crash et Aku Aku rencontrèrent celui qui s'occupait de la scierie et qui était responsable de ce déboisement de forêt sur l'île Wumpa : Tiny Tiger. Ce dernier aurait bien voulu ne pas se battre avec Crash et qu'une réconciliation entre le Bien et le Mal soit possible, mais comme il n'était pas dans le jeu précédent et qu'il servait toujours Cortex, il décida quand même de l'éliminer. Tiny alla tout en haut d'un portail en fer et il envoya des titans, mais peu après, voyant que la situation dégénérait, il partit et il envoya un Elephant Blindé pour tuer Crash. Crash chevaucha le Titan Super-Puissant et l'utilisa pour retrouver Tiny qui était à quelques pas de là. Lorsqu'il arriva près de lui, Tiny abandonna. Il donna à Crash quelques informations et le félicita, car il avait en fait mûri depuis la dernière fois et savait que de régler ses comptes avec les mots était mieux. Il lui parla de Nina qui avait remplacé Cortex, ce qui n'était pas très rassurant, puisqu'elle est beaucoup plus intelligente que son oncle Cortex. D'après Tiny, Nina a emmené Coco sur la plage de l'île de N. Sanity. Aku Aku se téléporta tout de suite avec Crash pour aller là-bas et n'était guère rassuré que ce soit elle la chef cette fois-ci ...

Partie 3 : La plage de N. Sanity

Crash et Aku Aku arrivèrent sur la plage de leur ancienne île. C'était ici qu'il y avait le quartier général de N. Gin, avec ses sbires, les Singes Maléfiques, qui sont aussi fous que lui. Malheureusement pour Crash, le quartier général se trouvait encore loin et c'était en fait une statue de N. Gin parodiant la fameuse Statue de la Liberté. Il y alla, avec Aku Aku, tout en battant les sbires de N. Gin et les Titans qui étaient présents à chaque coin de l'île. Mais, il se fit vite remarquer, donc cela n'a pas été si facile. Il réussit quand même à rentrer dans le quartier général de N. Gin. Après avoir traversé les bureaux de la Statue, les laboratoires, les douches etc ... Crash trouva finalement N. Gin au sommet de la statue, dans la tête. C'était dans une grande salle, mais ce dernier était sur une plate-forme plus haute contenant un énorme orgue, tandis que Crash était en bas. N. Gin envoya des mutants à Crash pendant qu'il jouait de la polka. Les titans sortaient de plusieurs portes, et Crash détruisit des roues pour qu'elles se ferment et pour que les Titans ne reviennent pas. Après s'être débarrassé des Titans restants, Crash et Aku Aku allèrent voir N. Gin pour avoir des informations sur Coco, même si ça n'a pas été facile à cause de la double personnalité de N. Gin qui inquiétait un peu ces derniers. Coco était, apparemment, dans le laboratoire de Uka Uka, là où les Titans sont créés. Crash et Aku Aku partirent tout de suite après sur l'île Wumpa, au sommet. Pendant ce temps, à l'endroit où nos deux héros devaient aller, Nina et Uka Uka étaient contents. Le Mojo qu'ils ont volé fonctionnait parfaitement, et ils avaient désormais plus de soldats mutants qu'il ne leur en fallait. Mais Uka Uka sentait un trouble dans le Mojo, quelque chose qu'il n'avait pas senti depuis la dernière fois qu'il avait vu son frère. Ce qui voulait dire que Crash et Aku Aku allaient arriver d'une minute à l'autre. Nina décida de retourner, avec Coco qui était attaché à côté, au Doominator pour le terminer pendant que Uka Uka resterait ici pour tuer Crash qui arriverait sûrement assez vite.

Partie 4 : L'Arbre Uka
Crash et Aku Aku partirent du quartier général de N. Gin de l'île de N. Sanity et ils allèrent de nouveau sur l'île Wumpa, au sommet. Ils se retrouvèrent devant un arbre géant, il était immense et appartenait à Uka Uka. Crash rentra dans l'arbre et le fouilla, à l'intérieur et à l'extérieur. Il rencontra des Typhons et des Lapins Vaudou sur son passage, mais les chevaucha de nouveau pour mieux avancer dans son aventure. Puis, il trouva une sorte de maison géante qui était en fait le laboratoire d'Uka Uka. Il y pénétra et trouva le masque du Mal. Ce dernier, apparemment, leur réservait une petite surprise ... Uka Uka, au lieu de se battre comme d'habitude, utilisa le Rayon Evolvo qui était ici pour se muter lui-même. Il eut un corps et était devenu géant. Le combat commença alors ... Crash gagna en chevauchant Uka Uka et en faisait exploser suffisamment pour que le masque perde. Bien qu'il ait perdu, Uka Uka était quand même content : Nina allait bientôt terminer le robot et la fin des Bandicoots approchait. Il partit. Aku Aku, par chance, sentit la présence de Coco et il se téléporta avec Crash vers l'endroit où elle était. En effet, Coco se trouvait un peu plus haut. Dans le ciel, on pouvait voir le quartier général de Cortex qui flottait et qui suspendait le grand Doominator, un robot d'une taille immense qui avait une tête à l'efigie de celle de Cortex. Dans la tête du robot, Coco, avec le casque qu'utilisait Nina pour faire tout ce qu'elle voulait d'elle, continuait à travailler pour que le Doominator fonctionne. Cortex était là aussi, toujours pendu par les pieds. Nina le narguait en se moquant de lui. Elle était sûre et certaine qu'elle gagnerait, contrairement à son oncle.

Partie finale : Le Doominator

Crash et Aku Aku arrivèrent dans le quartier général de Cortex, sur un balcon. Aku Aku ne pouvait pas les téléporter plus loin. Ils devaient désormais trouver un moyen de rentrer dans les entrailles du robot pour libérer Coco et battre Nina Cortex. Ils continuèrent leur chemin dans le quartier général et réussirent à entrer dans le robot par une porte située dans le bureau de Cortex. Cela les mena dans le ventre du Doominator, où il y avait plein de chaudrons géants remplis de liquides bizzaroïdes qui coulaient. Ils sortirent du robot par une porte, peu après. Ils avaient bien sûr rencontré d'autres Titans et des Filles. Pendant ce temps, Nina annonça à Cortex et à Coco, qui n'avait plus le casque et qui était de nouveau attachée, que le robot était finit (pas très grande surprise pour Coco qui l'avait fait toute seule sous hypnose). Le Doominator n'allait pas tarder à fonctionner et prévoyait donc d'applatir l'île Wumpa. Plus loin, Crash parvint à entrer dans la tête de la machine par la bouche et il trouva vite Nina qui était dans la tête du Doominator. Il arriva dans une grande salle ronde, avec des grosses roues qui tournaient et des machines diverses. Nina, Coco et Cortex étaient sur une petite plate-forme en hauteur. Coco encouragea tout de suite Crash pour battre Nina et même Cortex fit pareil, mécontent d'avoir été trahi par celle-ci. Nina détacha Cortex et l'ordonna de faire en sorte que le robot accomplisse sa mission. Elle était furieuse, elle pensait qu'un Fodder (mini-mutant) ou un Titan aurait tué Crash, mais ça n'a pas été le cas. Elle allait donc le faire elle-même grâce à son robot qui été prêt : l'ArachNina. Mais, comme d'habitude, Crash eût le dessus avec Aku Aku, il chevaucha Nina et lui fit détruire les grandes roues pour qu'elles explosent et qu'elles détruisent le robot. Nina avait perdu et Coco fut libérée par Crash, et elle l'en remercia. Maintenant, ils devaient arrêter le Doominator avant qu'il ne détruise l'île Wumpa. Coco pouvait le faire si elle avait eu son Transclocheur, le gadget violet que Crash mastiquait au début du jeu. Par chance, ce dernier l'avait gardé dans son pantalon (ce qui étonnait Cortex). Le Doominator fut arrêté à temps mais été arrivé sur l'île Wumpa et s'écrasa au bord de celle-ci, devant la maison des héros. Par chance, la maison des Bandicoots et Crunch qui était toujours prisonnier de la glace n'ont pas été écrasés. Cortex et Nina s'enfuirent dans un vaisseau spatial. Ils y eut une petite discussion. Cortex était furieux que sa nièce l'ait trahi et elle allait avoir une punition, mais il était quand même fier d'elle car cela prouvait qu'elle était diabolique comme lui. Il promit ensuite qu'à l'avenir, il serait encore plus machiavélique que d'habitude. Sur l'île Wumpa, Crash et Coco sortirent du robot et allèrent voir Crunch qui avait réussi à détruire sa prison de glace juste après que le robot tombe devant lui. Ils étaient soulagé, la maison et leurs affaires n'avaient eut aucun dégâts, sauf une petite portion du jardin face à la maison qui était maintenant fichu. Mais ils s'en fichaient, du moment qu'ils avaient leurs affaires intactes. Coco proposa de manger des crêpes pour fêter ça, et au même moment, notre cher Crash dit ses premiers mots : "Des crêpes !".