Ridiculisé par la confrérie scientifique pour ses théories farfelues (et pourtant presque réalisables), le Docteur Neo Cortex est motivé par un désir unique : clouer le bec à ces "je-sais-tout". S'il y arrive, il pourra en profiter pour réaliser son rêve le plus cher : devenir le maître du monde. Mais comment faire tout ça sans se faire remarquer ?

Cortex s'allia donc avec le Dr. Nitrus Brio et s'installa au sud-est de l'Australie où se trouve 3 îles. La 1ère, l'île de N. Sanity, était occupée par des indigènes, la 2ème, l'île Wumpa, cachait une civilisation abandonnée et pour la dernière ... il n'y avait rien. Cortex s'installa alors sur cette île et créa son château et une fois que tout était en place, il commença ses plans. Il décida de créer une armée d'animaux mutants grâce à l'invention de Brio : le Rayon Evolvo. Il commença donc à créer son armée.

Un soir, Cortex voulut créer 2 marsupiaux mutants, Brio le prévint que le Vortex n'était pas tout à fait prêt et qu'il pourrait très bien arriver quelque chose d'innatendu ... Cortex modifia quand même leurs gènes et le 1er marsupial était un mâle : Crash Bandicoot. Le 2ème était au contraire une femelle : Tawna Bandicoot. Cortex vérifia d'abord si Crash n'avait pas d'erreur, mais malheureusement pour lui, ce fut le cas. Crash était en fait un gentil Bandicoot innocent. Le savant fou essaya de l'attraper pour s'en débarasser, mais le marsupial sauta par une fenêtre et tomba dans l'océan... Ensuite, le Dr. Cortex fit la même chose pour Tawna et il obtint le même résultat. Il l'enferma quelque part dans son château.

Le lendemain, sur la plage de l'île de N. Sanity, on pouvait voir une boule de poils en train de dormir ... c'était Crash ! Il se réveilla et se rendit compte qu'il était profondement amoureux de Tawna qui était encore chez Cortex, et il décida donc d'aller la libérer et il pourrait également en profiter pour déjouer les plans de son créateur. Avant le voyage, il rencontra un masque protecteur : Aku Aku, qui allait le guider pendant sa quête. L'aventure commença tout de suite après cela.

Crash traversa l'île de N. Sanity, puis l'île Wumpa pour enfin se retrouver sur l'île où se trouvait sa bien aimée. Bien sûr, il rencontra des ennemis comme le chef du village indigène Papu Papu, il rencontra même des hommes de mains de Cortex (Ripper Roo, Koala Kong et Pinstripe Potoroo). Crash parvint à rentrer dans le château du savant fou, mais croisa N. Brio qu'il battit aussitôt. Le marsupial arriva ensuite dans le grand hall où se trouvait Tawna, mais pas de chance, il y avait un énorme trou pour l'empécher de la retrouver. Mais par chance, il utilisa les Gemmes d'énergies, de puissants artefacts, pour la rejoindre. Crash fut heureux lorqu'il la retrouva et il remarqua qu'à coté d'elle se trouvait un vautour. Il le chevaucha avec Tawna et il s'envolèrent vers le dirigeable de Cortex. En pleine nuit, le château de ce dernier était en feu : c'était bien sûr Crash qui était à l'origine de se carnage et les plans démoniaques de son créateur étaient donc ruinés. Mais Cortex, lui, réussit à s'en sortir et il utilisa l'une de ses inventions, une sorte de petite fusée qui lui permit de voler afin de rejoindre Crash qui était sur le dirigeable. Les 2 ennemis se battèrent mais Crash eut le dessus et il réussit à faire tomber le Dr. Cortex dans le vide. Crash et Tawna s'en allèrent avec le dirigeable de Cortex juste après cette réussite.

EPILOGUE DU JEU

Papu Papu: Papu Papu a vendu les ruines du château de Cortex, pour gagner de l'argent. Avec cet argent, il a ensuite ouvert un magasin sur l'île de N. Sanity.

Ripper Roo: Après de la thérapie intense et huit ans de rééducation forte, Ripper Roo a écrit un livre sur les dangers du Cortex Vortex, une machine de technologie future.

Koala Kong: Koala Kong a déménagé à Hollywood, Californie, et a lancé une compagnie de productions de films avec Universal Proportions. Il y travaile avec un médecin en ce moment.

Pinstripe Potoroo : Pinstripe a déménagé à Chicago, Floride, où il possède maintenant et exploite une large société d'assainissement de la ville. Il économise de l'argent pour sa prochaine campagne de gouverneur.

Dr. Nitrus Brio: Après la disparition de son mentor, le Dr. Nitrus Brio a redécouvert son premier amour : être barman.

Dr. Neo Cortex : Le Dr. Neo Cortex a disparu, et personne ne sait ce qu'il est advenu de lui depuis que Crash l'a vaincu. Mais la mal ne devrait pas tarder à être de retour ...